首先，企业申请HACCP认证必须注意选择经认可的、具备资格和zi深专业背景的第三方认证机构，这样才能确保认证的性及证书效力，确保认证结果与产品消费国验证体系相衔接。在我国，认证认可工作由认证认可监督管理会统一管理，其下属机构合格评定认可会（英文缩写为：CNAS）负责HACCP认证机构认可工作的实施，也就是说，企业应该选择经过CNAS认可的认证机构从事HACCP的认证工作。
认证机构将对申请方提供的认证申请书、文件资料、双方约定的审核依据等内容进行评估。认证机构将根据自身专业资源及CNAB授权的审核业务范围决定受理企业的申请，并与申请方签署认证合同。
在认证机构受理企业申请后，申请企业应提交与HACCP体系相关的程序文件和资料，例如：危害分析、HACCP计划表、确定CCP点的科学依据、厂区平面图、生产工艺流程图、车间布局图等。申请企业还应声明已充分运行了HACCP体系。认证机构对企业提供和传授的所有资料和信息负有保密责任。认证费将根据企业规模、认证产品的品种、工艺、安全风险及审核所需人天数，按照CNAB制定的标准计费。
HACCP认证流程：
1、按照HACCP标准要求建立体系；
2、体系建立后，需要运行一段时间，少三个月，产生三个月的运行记录；
3、向认证机构递交审核申请；
4、认证机构评估费用和正式审核时间；
5、认证机构将进行预审，在正式审核前排除一些重大的确失，同时让客户熟悉审核的方法危险评估，审查方针，范围和采用的程序。检查体系中遗漏和繁琐需要修改的地方；
6、认证机构将进行第二阶段审核，主要进行实施审核，查看程序规定的执行情况。认证机构通常将现场审核并给出建议；
7、如果能顺利完成审核，在确定清楚认证范围后，发放HACCP证书。在满足持续审核情况下，三年有效。
