风险一：认定过程弄虚作假，被取消资格须补缴税款
对在高新技术企业申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的，由认定机构取消其高新技术企业资格并通知税务机关按税收征管法及相关规定，追缴其自发生行为之日所属年度起已享受的高新技术企业税收优惠。需要注意的是，这里的追缴期限是自弄虚作假行为发生之日起，而一般情况下，高新技术企业在通过认定当年就开始享受优惠，也就是说，相关企业因弄虚作假被取消高新技术企业资格，其在资格有效期内享受的相应税收优惠都要被追缴，这可能是一个不小的数字。对此，相关企业一定要切实增强自身的科技创新能力，严格对照《高新技术企业认定管理办法》(以下简称《认定办法》)《高新技术企业认定管理工作指引》等政策的规定，准确判断自身在知识产权、研发费用支出、高新技术产品(服务)收入、创新能力等方面是否达标，并据实进行高新技术企业资格申请，千万不要带着侥幸心理弄虚作假。
风险二：将境外所得错误适用优惠税率
《财政部国家税务总局关于高新技术企业境外所得适用税率及税收抵免问题的通知》(财税〔2011〕47号)规定，以境内、境外全部生产经营活动有关的研究开发费用总额、总收入、销售收入总额、高新技术产品(服务)收入等指标申请并经认定的高新技术企业，其来源于境外的所得可以享受高新技术企业所得税优惠政策。实践中，有的企业忽略了该政策适用的前提条件，其在进行高新技术企业资格申请时，仅以境内的研发费用总额、销售收入总额、高新技术产品(服务)收入等指标进行申请，不包括境外的相关数据。但在获得高新技术企业资格后，其却将境外所得适用15%优惠税率，导致涉税风险。对此，相关企业应当深入掌握该政策适用的条件，切忌断章取义、盲目地将境外所得纳入享受优惠的范围。
风险三：未按规定留存备查资料
根据政策规定，高新技术企业在享受优惠过程中，未按税务机关要求提供留存备查资料，或者提供的留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算情况、相关技术领域、资格证书等不符，无法证实其符合高新技术企业优惠政策条件的，税务机关将按照税收征管法、《认定办法》等相关规定追缴税款。对此，相关企业在日常管理中，一定要注重做细做实材料整理及保管等工作，通过真实、详细的资料证实自身符合享受优惠的条件。比如，对研发人员的工时情况等进行详细记录，更好地证明研发费用归集的合理性;将科技人员的劳动合同、考勤表、工资明细表、个税申报表等相关数据进行核对检查，并留存保管，以更好地证明科技人员占比符合条件规定。
风险四：因其他原因被取消高新技术企业资格而补税
根据规定，对发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为(依据有关部门根据相关法律法规出具的意见判定)的，发生更名或与认定条件有关的重大变化(如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等)但未在三个月内向认定机构报告，或累计两年未填报年度发展情况报表(企业获得高新技术企业资格后，应在每年5月底前填报上一年度的发展情况)的高新技术企业，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关按税收征管法及有关规定，追缴其自发生上述行为之日所属年度起已享受的高新术企业税收优惠。例如，B企业取得的高新技术企业证书上注明的发证时间为2019年11月25日，2020年5月10日，B企业发生重大安全生产事故，认定机构在2021年6月20日取消其高新技术企业资格。在资格取消前，企业一直自主申报享受高新技术企业所得税优惠。税务机关接到认定机构的通知后，应当按照规定追缴B企业2020年度和2021年季度预缴已享受的税收优惠。 对此，相关企业一定要珍视高新身份，在日常生产经营中切实增强风险防控意识，保障生产安全和产品质量，主动履行环保等社会责任。当发生分立、合并、重组等重大变化时，应及时向认定机构报告，要按规定及时填报年度发展情况报表。
