厦门商业特许经营备案的办理流程主要包括以下步骤：
1、准备所需材料，包括备案主体及直营店营业执照副本、法人身份证明文件、商标注册证书复印件、特许经营合同模板、签订的首份加盟合同、直营店租赁合同和房产证明、直营店相关经营许可证等。
2、将材料提交至商务主管部门进行审核。
3、根据审核意见进行修改和补充材料。
4、提交完整的材料到商务主管部门进行备案。
5、商务主管部门在商务部网站进行备案公示。
需要注意的是，具体的办理流程和所需材料可能因地区和行业而异，因此建议在办理前向当地商务主管部门或商业特许经营备案代办机构或专职律师咨询以获取准确的信息。
同时，办理商业特许经营备案需要满足一定的条件，如申请人必须为合法注册并经营的企业，特许经营品牌必须在中国商标局注册并具有相关商标注册证书，特许经营总部必须提供相关的机构资质证明文件，特许经营店面必须符合相关要求并提供租赁合同等。
此外，办理商业特许经营备案的时间周期大约为2-3个月，具体时间会根据备案部门的工作进度而有所变化。
商业特许经营备案属于行政性备案，与传统的办理其他的许可证存在较大的差异，招商加盟企业在办理前应当进行充分的咨询和了解，若对材料准备和相关工作不熟悉的，建议可以委托从事商业特许经营管理和咨询的咨询机构或这律师协助办理。
