按照我国《计算机软件保护条例》，软件著作权登记主管部门由国务院著作权行政管理部门认定。按照《计算机软件著作权登记办法》的规定，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构，经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构。
关于软件著作权登记的程序如下：
（1）软件著作权申请所需提交的文件有计算机软件著作权登记表、计算机软件说明书、申请人身份证明等。
（2）计算机软件权利人继承备案申请所需提交的文件材料有权利继承备案申请表、继承证明文件、原登记证书等。
（3）变更与补充登记申请所需提交的文件资料有变更或补充登记申请表、有关变更及补充的材料、原登记证书等。
（4）计算机软件权利转移备案申请所需提交的文件资料有计算机软件权利转移申请表、转让（许可）合同书、原登记证书、国务院有关主管部门批文等。
（5）计算机软件著作权续展申请所需提交的文件资料有计算机著作权续展申请表、原登记证书等。
2．软件著作权登记申请受理
软件登记机构根据《计算机软件著作权登记办法》第19条、20条、21条规定，对提交的文件进行检查，确定是否受理，向申请者发出有关通知如下：
（1）受理通知书。通知申请者，其所提交的文件与资料符合受理条件，予以受理，并明确受理日期、受理编号。申请者接到受理通知后不必答复，等待下一步的审查结论。
（2）暂不受理通知书。说明申请者所提交的申请书及有关文件资料有欠缺。申请者在接到暂不受理通知书后应该及时按要求补充有关文件资料，登记机构再进行登记处理。
（3）不受理通知书。[陈松乔 任胜兵王国军编著,软件学院推荐教材 现代软件工程,清华大学出版社,2004年06月第1版,第303页]
3．软件著作权登记申请的审查
登记机构自受理日起120日内，对申请者提供的文件资料从法律、技术等方面进行全面审查。对不符合《计算机软件保护条例》或《计算机软件著作权登记办法》规定的申请，向申请者发书面补正通知书。申请者接到补正通知书后，应及时进行补正处理，否则登记机构将把登记申请自动撤回的决定通知申请者。在补正完成后，登记机构再进行审查，向申请者发出准予登记决定通知书或者驳回登记申请通知书。
4．软件著作权登记注册
申请者在收到准予登记的通知书后30日内向登记机构缴纳登记证书费，登记机构收到申请者缴纳的登记证书费后办理登记注册，向申请者颁发登记证书。
5．软件著作权登记的异议与复审
对已登记、公布的软件，若登记不符合《计算机软件保护条例》或《计算机软件著作权登记办法》规定的，任何人都可向软件登记机构提出异议。登记机构审查认为异议成立的应撤销登记，书面通知异议人和被异议人，并予以公布；异议不成立的，予以驳回。对因异议成立撤销登记或驳回的决定不服的，当事人可在收到有关通知之日起60日内向软件登记复审委员会请求复审。复审委员会应对受理的复审请求做出复审决定，并书面通知复审请求者。
以上是软件著作权申请的具体程序，需要办理的客户可以咨询代理公司更为简便。
