厦门市企业在申请进出口贸易经营备案的申请流程主要包括以下几个步骤：
对外贸易经营者备案：
登录“商务部业务系统统一平台”，进行账号注册。
注册完成后，进入系统，依次点击“对外贸易”-“对外贸易经营者备案登记应用”-“申请”-“进入应用”。
选择备案机关，填写统一社会信用代码并提交。
填写备案登记信息，上传营业执照原件图片及申请表，打印盖章签字后上传。
完成网上申请后，准备相关材料到公司所属的商务局现场审核。
海关报关企业注册登记：
登录“中国国际贸易单一窗口”或“互联网+海关”，填写申请并提交。
申请人也可以在办理工商注册登记时，勾选海关注册登记，补充填写相关备案信息。
申请人向注册地隶属海关窗口现场递交申请材料（以“多证合一”方式申请办理的，无需到现场递交申请材料）。
电子口岸入网：
登录电子口岸网页，如实填写企业信息，并按要求上传电子随附材料，提交审批。
提交审批成功后，通过系统内的“入网审批状态查询”功能，核实审批进度。
如各部门全部审批通过，将交由制卡中心制发企业法人卡及操作员卡。
所需材料：
营业执照副本原件及复印件加盖公章
对外贸易经营者备案登记申请表加盖公章
法人、经办人身份证复印件加盖公章
办理时间：
对外贸易经营者备案登记通常需要7-12个工作日左右。
海关报关企业注册登记和电子口岸入网的时间也会因具体情况有所不同，但总体上不会太长。
通过以上步骤和所需材料，企业可以顺利完成进出口贸易经营备案的申请。
注意事项
在办理进出口备案过程中，企业应确保所提交的材料真实、准确、完整，并按照规定的流程逐步进行。还需关注相关法规政策的更新变化，以确保备案流程的顺利进行。
注册有进出口权的外贸公司
企业需要注册一个具有进出口权的外贸公司。注册程序及所需材料与注册普通贸易公司相同，但需注意在注册时经营范围需加入“技术进出口、货物进出口”。