高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度（实际经营不满三年的按实际经营年限）的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。
如果申报企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）未经会计师事务所审计，应同时委托进行财务报表审计。
此外有以下情况的，都需要进行高新技术企业认定专项审计：
①凡拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的企业，均需要进行高新技术企业认定专项审计。
②由于高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年，期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
所以凡拟向有关部门申请进行高新技术企业复审的企业，均需要进行高新技术企业认定专项审计。
主要审计的内容有两项：
1、近三年研究开发费用专项审计：对企业申报前三年研发费用的合理性审计，*终符合要求的研发费用是否占企业营业的要求比例；
2、上年度高新技术产品（服务）专项审计：对企业申报上一年的高新技术产品（服务）收入的审计，*终符合要求的收入是否占企业总收入的60%以上。
厦门闽粤通税务师事务所可以出具高新专项审计报告、研以费用加计扣除报告和研发补贴报告
厦门闽粤通会计师事务所（普通合伙）可以做高新年度审计、工商审计。
厦门市的企业可以申请市级高新和高新。
