2009年6月1日《食品安全法》实施停止发放卫生许可证，被“餐饮服务许可证”“食品流通许可证”“食品生产许可证”所取代。
2015年11月10日，工商行政管理总局发布关于废止《流通环节食品安全监督管理办法》和《食品流通许可证管理办法》的决定（工商行政管理总局令第79号），决定废止《食品流通许可证管理办法》（2009年7月30日工商行政管理总局令第44号），停止了食品流通许可证的颁发。食品经营许可证代替食品流通许可证，也就是说没有食品流通许可证证了，如果您想开饭店、生产销售食品那么您就需要办理食品经营许可证了。并且食品经营许可证也由之前的前置审批改为后置审批了，先办理营业执照再办理相关许可证资质，这样大大节省了注册公司的流程，提高了效率。
现在的食品经营许可证把之前的食品流通许可证和卫生许可证都统一归类成食品经营许可证了，只是经营范围不同，批完食品经营许可证之后再增项即可，到时候营业执照上就会显示您是销售预包装食品还是餐饮服务或者是其他类别，如果您想销售酒水，那么您就需要在销售范围上增加酒类销售。
所以食品经营许可证和食品流通许可证两者大致是没有什么区别的，只是随着制度改革前者取代了后者，都是在食品药品监督管理局进行办理的。
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