厦门ISO14001环境管理体系的申请流程主要包括以下几个步骤：
前期准备：
企业需要对ISO14001标准有深入的了解，明确其要求和目的。
设立内部ISO14001推行小组，并指定一名负责人来领导整个认证过程。
评估企业是否满足申请ISO14001认证的基础条件，如环评批复、环保“三”竣工验收报告、环评备案等。
选择咨询公司：
与咨询公司建立联系，通过咨询的知识来推进体系建立与认证申请。
咨询公司会现场查看企业情况，预估可能产生的费用，并与企业签订咨询合同。
体系建立与准备：
根据ISO14001标准，建立并实施环境管理体系，包括制定环境方针、目标、指标和相应的管理程序。
准备必要的文件和记录，如环境政策、目标、程序、文件、纪录等，以及环保监测报告、特种设备检测报告、测量仪器校准报告等。
培训与辅导：
对企业内部的相关员工进行ISO14001标准和管理体系文件的培训，提高员工的环境意识。
咨询公司会提供体系要求的培训辅导及认证审核注意事项的沟通，确保企业对体系要求有一定的了解。
选择认证机构并提交申请：
选择合适的认证机构进行申请，并提交ISO14001认证申请，包括组织信息、活动范围、所需的认证范围等。
与认证公司签订合作协议，并由其引导企业进行体系建立和认证申请。
文件审核与现场审核：
认证机构将对企业提交的环境管理体系文件进行审核，确保其符合ISO14001标准的要求。
认证机构会进行现场审核，通常分为两个阶段。阶段1的审核侧重于评估组织的环境管理体系，确保其已经建立并与标准要求一致；阶段2的审核侧重于评估环境管理体系的实际运作，包括环境方面的风险管理、绩效改进等。
问题整改与认证决定：
如果在审核中发现问题，企业需要采取纠正措施来解决这些问题。
认证机构根据审核报告和结论，决定是否颁发ISO14001环境管理体系认证证书。
获证后监督与复评：
在证书有效期内，认证机构将定期对企业进行监督检查，确保企业持续符合ISO14001标准的要求。
证书到期前，企业需要申请复评，以维持认证的有效性。
以上是一个大致的流程介绍，具体的申请流程可能因认证机构和企业的实际情况而有所不同。在申请前，建议企业详细咨询认证机构或专业顾问，以确保申请流程的顺利进行。
